Hiện nay thuốc trừ sâu từ vi khuẩn Bt đã chiếm phần lớn thị trường thuốc trừ sâu sinh học trên thế giới cũng như ở nước ta. Ngoài việc dùng làm thuốc trừ sâu, hiện nay người ta đã tách một số gen từ vi khuẩn Bt ghép vào hệ thống gen của cây để tạo ra các giống cây kháng sâu như giống bông kháng sâu xanh, giống lúa kháng sâu đục thân, sâu cuốn lá, giống ngô kháng sâu…

Trong quá trình sinh trưởng, vi khuẩn Bt tạo ra 2 nhóm độc tố là độc tố trong và độc tố ngoài. Độc tố trong được tạo thành trong tế bào vi khuẩn là chất delta-endotoxin – chất gây độc chủ yếu của vi khuẩn đối với sâu hại. Đây là một loại protein ở dạng tinh thể nên còn gọi là độc tố tinh thể. Độc tố tinh thể không tan trong nước mà tan trong môi trường kiềm. Trong ruột sâu non bộ cánh vẩy là môi trường kiềm nên vi khuẩn Bt có tác động chủ yếu với nhóm sâu này.

Khi sâu ăn phải độc tố tinh thể vào trong ruột có môi trường kiềm, độc tố sẽ hòa tan phá vỡ màng ruột rồi xâm nhập vào toàn bộ cơ thể, chỉ sau khoảng 5 phút sâu bị tê liệt và ngừng ăn rồi chết hẳn sau đó 2-3 ngày. Độc tố ngoài là chất Beta-endotoxin (độc tố bêta) được tạo thành bên ngoài tế bào trong quá trình sinh trưởng của vi khuẩn với hàm lượng thấp. Độc tố bêta tan trong nước nên có thể diệt được nhiều loài sâu hại.