Đối với người, khi được sử dụng không đúng cách, thuốc bảo vệ thực vật sẽ gây nhiễm độc cấp tính: Bỏng mắt cấp tính, hủy hoại da, ảnh hưởng thần kinh, gan. Khi bị nhiễm độc mãn tính sẽ ảnh hưởng đến tủy xương (thiếu máu bất sản và loạn tạo máu); ảnh hưởng đến sinh sản (vô sinh ở nam, sảy thai, thai dị dạng...); gây độc thần kinh; ảnh hưởng đến cơ chế miễn dịch... Cơ thể con người bị nhiễm độc thuốc bảo vệ thực vật biểu hiện ở nhiều mức độ: giảm sút sức khỏe, gây rối loạn các hoạt động ở hệ thần kinh, tim mạch, tiêu hóa hô hấp, bài tiết, gây các tổn thương bệnh lý ở các cơ quan, hệ thống nói trên từ mức độ nhẹ tới nặng, thậm chí tàn phế hoặc tử vong.     Do đó theo dõi sức khỏe có hệ thống khi tiếp xúc thường xuyên với thuốc bảo vệ thực vật là rất cần thiết.

Đối với môi trường xung quanh, thuốc bảo vệ thực vật diệt cả những côn trùng và động vật hữu ích cho con người, có thể làm biến đổi thế cân bằng tự nhiên của hệ sinh thái gây ô nhiễm đất, nước, không khí. Các thuốc trừ sâu tồn dư lâu, không bị phân hủy ở trong đất và trong nước có thể làm cho động vật, cây trồng sống ở đó bị nhiễm thuốc lâu dài, con người ăn các sản phẩm trồng trọt và chăn nuôi bị nhiễm thuốc trừ sâu hằng ngày một cách gián tiếp, lâu ngày sẽ có hại cho sức khỏe.

- Giảm nguồn vi sinh vật có ở trong đất ⇒ Làm cho đất dễ bị bạc màu và không trồng trọt được

- Thuốc hóa học nếu thấm xuống nguồn nước sẽ giết chết các loài sinh vật ở dưới biển như cá,tôm,ốc...

- Làm ảnh hưởng xấu tới khả năng sinh trưởng của các loài thực vật nếu sử dụng thuốc không hợp lí

- Khi thuốc bay hơi sẽ lẫn các hóa chất dạng khí vào đám mây gây mưa axit và mưa axit sẽ gây bệnh cho con người nếu tắm phải chúng quá lâu.

- Khi con người ăn vào thực phẩm có thuốc hóa học sẽ bị ngộ độc và thậm chí có thể gây tử vong nếu nồng độ thuốc trong thực phẩm cao.

- Thuốc hóa học cũng là một tác nhân gây ung thư sau này nếu ăn nhiều thực phẩm chứa các chất hóa học độc hại.